Em Yoshi and the Mysterious Book, um livro falante chamado Mr. E cai na ilha onde Yoshi e seus amigos vivem. As páginas desse livro contêm informações sobre criaturas incomuns, e Yoshi entra no livro para investigar o mistério que elas escondem.
Você controla Yoshi enquanto explora páginas que funcionam como mundos distintos, encontra diversas criaturas surpreendentes e vê as descobertas registradas no próprio livro. A experiência combina elementos de plataforma e aventura, com ênfase na exploração e na descoberta das espécies que habitam cada página.
